Efter reformationen var Københavns universitet rykket ind i Vor Frue kirke. “Vi fra universitetet er krøbne  ind i kirken; dertil nøder storm og blæst os. Begge borgmestre giver glarmesteren skylden. Tømmerfolkene arbejder endnu på bænkene; det er mig en underlig byggen den, men koste, det gør den.” Suk fra Bugenhagen ca. 1537, der var i København for at få både universitetet og reformationen op at køre.